菜園新石器時代文化遺址位于海原縣西安鎮(zhèn)菜園自然村西、南、東的山梁坡地上，面積41250平方米，村落位于南華山腳下，南倚靈光寺、東靠海城鎮(zhèn)野狐坡村。

1984年寧夏進行全區(qū)性的文物普查時發(fā)現了菜園新石器時代文化遺址。1985年5月寧夏考古研究所對部分遺址進行了試掘。秋季對遺址、墓葬進行科學、系統(tǒng)的發(fā)掘。1986年至1988年底，中國歷史博物館．北大考古系、寧夏考古研究所聯合進行考古發(fā)掘。連續(xù)四年的清理發(fā)掘工作，共布探方297個，總揭露面積6921平方米，清理墓葬138座、房址15座、窖穴灰坑65個、窯址1座、灰溝1條，出土各類完整或可辨器物5000余件，主要為石、陶、骨、玉等生產工具，生活器皿和其它裝飾品。其文化內涵揭示出：齊家文化的主體是從“菜園遺存”中孕育出來的，是自成體系的原始土著文化，并且具備了三個要素，即：時間界域、空間范圍、獨具特色的實物群體。菜園遺址距今已5000年，是古人類生息、繁衍、生產勞動的場所和墓葬地，處于母系氏族向父系氏族過渡時期。在寧夏南部山區(qū)，甘肅隴東縱橫數百里的范圍內，盡管有六盤山的阻隔，但清水河、葫蘆河、涇水河等各個流域的先民們仍是交流頻繁，共同創(chuàng)造了具有濃厚地域特征的原始文化，菜園遺址則是這一文化的典型代表。

菜園新時期文化遺址現為全國重點文物保護單位。